Hij diende aan het hof van Karel V en werd reeds als knaap in de orde van Santiago opgenomen. In 1548 begeleidde hij prins Philips op diens reis door Italië en de Nederlanden. Zapata begon zijn carrière als literator met een vertaling van Ariosto's Orlando Furioso, die wel is waar verloren ging, maar waarvan het origineel als voorbeeld diende voor de Carlo Furioso, waarin Zapata Karel V verheerlijkt. Zonder aanspraak te kunnen maken op hoge letterkundige waarde, geeft dit epos interessante anekdotes over vooraanstaande politici en kunstenaars uit de16de eeuw, o.a. Garcilaso de la Vega. Op latere leeftijd tot vestingstraf veroordeeld, waarschijnlijk wegens schulden en een ook overigens niet smetteloze levenswandel, schreef Zapata een Libro de Cetreria, Emblemas, een vertaling van Horatius' Espistola ad Pisones en van een der satiren van deze schrijver.

Als belangrijkste werk van Zapata geldt een verzameling memoires, die betrekking hebben op sport en spel, kunst en wetenschap, godsdienst.