Hij was sinds 1919 hoogleraar te Straatsburg. Hij publiceerde in 1894 zijn zeer bekend geworden en ook om haar literaire kwaliteiten geroemde Vie de S. Francois d'Assise (vele malen herdrukt en vertaald). Het boek vond aan rooms-katholieke zijde een bijzonder sympathiek onthaal, doch werd niettemin op de Index geplaatst wegens de voor Rome onaanvaardbare voorstelling van Franciscus' verhouding tot het kerkelijk gezag. In 1902 stichtte Sabatier te Assisi de Société Internationale des Études Franciscaines en in 1907 (met A.G. Little) een British Society of Franciscan Studies.